Mis experiencias y expectativas para este semestre August 25, 2008

Durante el verano 2008 estuve 10 semanas en el programa Massachusetts Sumer Research Program (MSRP) Biology en MIT. En el cual estuve trabajando con la bacteria Helicobacter pylori, la cual es microaerofilica ya que puede sobrevivir a baja concentraciones de oxigeno. Esta tiene la capacidad de sobrevivir por décadas dentro del estomago humano, y a que produce muchas enzimas para neutralizar los químicos que liberan las células inmunológicas para destruir a la bacteria. Mi investigación era tratar de identificar cual dosis y tiempo de exposición sobrevive más de 50% esta bacteria en presencia de peróxido de hidrogeno. Luego le extraía el RNA para convertirlo en cDNA y hibridizarlo en una placa de microarrays que tenía secuencias conocidas de DNA de Helicobacter pylori. La finalidad de esta investigación era conocer cuales genes expresa esta bacteria en presencia de una ambiente oxidativo y de esta forma conocer si los mecanismos de sobrevivencia están codificados a un gen en especifico.

Dentro de mi investigación tengo varios proyectos para este semestre. Mi principal trabajo es analizar las secuencias de DNA de los integrones encontradas en las Klebsiella, para poder identificar si los integrones que cargan son conocidos o son nuevas generaciones. También poder identificar si estas bacterias poseen más de un integron. Nuestro mayor proyecto es conseguir primers que amplifiquen los cassette que cargados en cada integron, en especial para los integrones clase 2. Con esto se puede identificar qué cantidad de cassette carga cada integron. Luego de encontrar todos estos datos tenemos que repetir cada experimento para corroborar la información. También vamos a comenzar a analizar unas sepas de E. coli and P. aeruginosa que son resistentes a antibióticos, para verificar si están cargados con integrones. El trabajo que estaremos realizando este semestre es la continuación a los hallazgos encontrados el semestre anterior. Dentro del laboratorio seguiremos utilizando las mismas técnicas moleculares anteriores (PCR, electroforesis, extracción de plasmido y DNA). La única técnica que estaremos implementando es la Bioinformatica para analizar los resultados obtenidos en la secuenciación del DNA.